核酸检测技术有诸多优点，但由于其超高的灵敏度，一旦实验室出现核酸污染，很容易导致假阳性结果，从而影响检测的准确性。因此了解核酸污染原因和核酸污染清除是分子检测实验室的工作重点。
在病毒核酸检测过程中，常见以下几种污染类型：①标本污染；②试剂污染；③产物污染；④设备污染；⑤其他污染。
实验室应发现污染其解决措施：
1、标本污染：重新采样进行检测，评估标本前处理环节；
2、试剂污染：更换新的试剂重新检测评估；
3、设备污染：设备整体消毒清洁、维护；
4、产物污染：全面清洁消毒实验室、仪器设备所有实验有关用品。
实验室的污染不可能一次就清理干净，需反复清理验证，直到实验结果能被采用为止。
在实际工作中，实验室可能会因实验过程的操作造成污染而导致“假阳性”。据其分析，污染来源主要有两个方面：
其一，是扩增产物的遗留污染，在大规模核酸筛查的过程中，由于样本量大、采取的又是“停人不停机”的连续工作方式，每轮扩增检测之间的清洁可能不到位，同时也无法保证每个扩增管完全密闭，带来“假阳性”的可能。
其二，检测过程中，样本之间可能会发生交叉污染，比如，阳性样本或者实验室所用的质控品污染了本来为阴性的样本，这也会造成的“假阳性”。
除实验室污染外，“假阳性”的出现也可能是因不规范操作所致。个别实验室包括技术人员没有严格。
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