核酸检测技术有诸多优点，但由于其超高的灵敏度，一旦实验室出现核酸污染，很容易导致假阳性结果，从而影响检测的准确性。因此，了解核酸污染原因和清除核酸污染是分子检测实验室的工作重点。
一、造成实验室核酸污染的原因
1、实验室分区不规范
严格的PCR实验室应有标准的正负压系统及四分区（或三分区），实验室应按照生物安全二级实验室及PCR实验室设计基本要求来建设。
可参考的标准为《GB50346-2011建设标准生物安全实验室建筑技术规范》及卫健委下发的《医疗机构临床基因扩增检验实验室工作导则》。PCR实验室若不规范进行分区，容易发生气溶胶污染。
2、通风设施不规范
现有技术指导原则，要求选择BSL-Ⅱ级生物安全柜。从临床经验来看，只有B2型生物安全柜为全排放，无循环风，可以用于加核酸模板。不建议A1型、A2型和B1型，因其循环风很容易造成核酸气溶胶的形成，且污染很难清除。
3、操作过程不规范
吸取阳性对照（质粒）没有遵循“慢吸快打”的原则（这个需要练习形成“肌肉记忆”）。新手往往是“快吸快打”，容易造成阳性样品污染枪头，或者在生物安全柜循环风的影响下，造成气溶胶飞溅，污染加样区域。
应使用带有滤芯的枪头。且加完样的枪头要丢入含有次氯酸溶液的加盖垃圾桶中（因为次氯酸容易挥发，因此应每天都要更换含氯消毒液！）
4、消毒不彻底
《医疗机构临床基因扩增检验实验室工作导则》指出，短片段的基因核酸对紫外线损伤不敏感。常规消毒剂如酒精、碘化物、戊二醛类、季铵盐等虽然能杀菌，但是不能降解核酸，或降解效率较差。次氯酸盐类消毒剂可以一定程度降解核酸，但是腐蚀性强，不能处理精密仪器及金属制品，容易腐蚀移液器吸杆影响TIP头气密性。
二、如何减少甚至消除核酸污染？
1、清除空气中的核酸气溶胶
紫外线照射12~18小时，但是注意，紫外线有效距离在80cm~100cm之间，且对200bp以下的短片段核酸不敏感，容易留死角，所以还要同时加强通风。
2、清除物表残留核酸
吸附在仪器设备等物体表面上的核酸污染处理：使用没有腐蚀性的核酸清除剂。例如使用酶解法（耐热核酸降解酶）的清除剂，处理移液器、生物安全柜、离心机、传递窗等区域进行喷洒清除。静置15分钟即可。
丢弃3个分区的所有用过的耗材（主要是TIP吸头和离心管、拆开的试剂盒等）、非一次性实验服工作服应用次氯酸盐溶液浸泡1小时后，进行洗涤处理；尽量使用一次性生物安全Ⅱ级防护服或实验服。
3、核酸提取和检测安全要求
标本进行核酸提取和检测时应尽可能在生物安全柜内进行操作。如为打开标本管盖或其他有可能产生气溶胶的操作，则必须在生物安全柜内进行。
4、保持良好的实验习惯
每天实验后，使用0。2%含氯消毒剂或75%酒精进行台面、地面清洁。
5、使用专用仪器
除了上面常规的消毒清洁之外，另外可采用专门的实验室核酸气溶胶污染清除仪去除实验室核酸污染。
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